Gold-standardul in identificarea agentilor infectiosi ai tractului gastro-intestinal

La nivel global in fiecare an, aproximativ 2 miliarde de oameni sufera de diaree. 80% dintre agentii patogeni nu sunt identificati, ceea ce conduce la utilizarea necorespunzatoare a antibioticelor. In fapt, diareea este a doua cauza principala a deceselor la copii cu varsta sub 5 ani si este responsabila pentru moartea a aproximativ 760.000 de copii in fiecare an.

Focare diareice ameninta adesea populatii mari in intreaga lume. Diareea poate fi cauzata de o gama larga de patogeni bacterieni (cum este salmoneloza) sau virali. Laboratorul SANADOR este singurul laborator din Romania care foloseste metoda PCR Multiplex in timp real pentru identificarea unor patogeni infectiosi ai tractului gastro-intestinal folosind tehnologia Seegene de ultima generatie. Paneluri infectii gastrointestinale: In Laboratorul SANADOR se efectueaza urmatoarele determinari :

Panel gastrointestinal Virus	Panel gastrointestinal bacterii 1	Panel gastrointestinal bacterii 2
Norovirus GI Norovirus GII Rotavirus Adenovirus Astrovirus Sapovirus	Campylobacter spp. Clostridium difficile - tulpina toxigenica (inclusiv tulpina NAP1 BI, hipervirulenta) Salmonella spp. E.coli Enteroinvaziv (EIEC)/Shigella spp. Vibrio spp. Yersinia enterocolitica Aeromonas spp.	Clostridium difficile hypervirulent E. coli O157 E.coli enterohemoragic (EHEC) E. coli enteropatogen (EPEC) E.coli enterotoxigenic (ETEC) E.coli enteroagregativ (EAEC)

Principiul metodei:

Detectia unor secvente tinta specifice de la nivelul genomurilor agentilor patogeni cautati prin amplificarea prin PCR in timp real.

Specimenul recoltat si Conservarea:

Materii fecale in recoltor fara mediu pastrate la rece (la temperatura de +2..+8a°C) pana la 48 de ore sau conservate la -20a°C maximum 30 de zile.

Proba trebuie adusa cat mai rapid la laborator, la rece.

Mod de lucru:

Din proba se preleveaza un volum de lucru din care se extrage materialul genetic (ADN si ARN), care urmeaza sa fie amplificat prin metoda PCR. Amplificarea specifica este inregistrata in timp real pe baza acumularii semnalului fluorescent specific fiecarei tinte moleculare in parte.

Interpretarea rezultatelor:

Un rezultat pozitiv indica prezenta genomului patogenului testat

Valori de referinta:

ADN patogen in testare negativ.

Testul a fost verifcat pentru specificitate, cu succes, pe urmatoarele tulpini: Panel gastrointestinal virus

: Adenovirus 40, Adenovirus 41, Astrovirus, Norovirus-GI, Norovirus-GI.3, Norovirus -GI.7, Norovirus-GI.8, Norovirus-GII, Norovirus-GII.b, Norovirus-GII.4, Rotavirus, Rotavirus G1P4, Rotavirus G1P6, Rotavirus G1P8, Rotavirus G2P4, Rotavirus G3P6, Rotavirus G3P8, Rotavirus G3P9, Rotavirus G4P6, Rotavirus G9P6, Rotavirus G9P8, Sapovirus G1, Sapovirus G2, Sapovirus G4.

Panel gastrointestinal bacterii 1

:

Shigella boydii

(ATCC 8700),

Shigella dysenteriae

,

Shigella flexneri

(ATCC 11836),

Shigella sonnei

(ATCC 11060),

Escherichia coli

(Enteroinvasive

E.coli

, EIEC),

Campylobacter coli

(ATCC 33559),

Campylobacter jejuni

subsp.

jejuni

(ATCC 33560),

Yersinia enterocolitica

(ATCC 23715),

Vibrio cholerae

Z132,

Vibrio parahaemolyticus

(ATCC 17802),

Vibrio parahaemolyticus

(ATCC 33844),

Vibrio vulnificus

(ATCC 27562),

Clostridium difficile

NAP1 BI,

Clostridium difficile

NAP1,

Clostridium difficile

,

Aeromonas caviae

,

Aeromonas hydrophila

(ATCC 7966),

Aeromonas salmonicida

subsp.

masoucida

(ATCC27013),

Aeromonas veronii

bv

sobria

,

Aeromonas veronii

bv

veronii

,

Salmonella bongori

(ATCC 43975),

Salmonella choleraesuis

subsp.

arizonae

(ATCC 13314),

Salmonella choleraesuis

subsp.

choleraesuis

(ATCC 29629),

Salmonella choleraesuis

subsp.

diarizonae

(ATCC 43973),

Salmonella enterica

subsp.

enterica

serovar Paratyphi C,

Salmonella enteridis

,

Salmonella houtenae

,

Salmonella typhimurium

(ATCC 14028).

Panel gastrointestinal bacterii 2

:

Escherichia coli

, O157:H7:VT1,

Escherichia coli

O157:H7:VT2,

Escherichia coli

O78:K80:H12 (ATCC 43896),

Escherichia coli

(Entereaggregative

E.coli

, EAEC),

Escherichia coli

(Enteropathogenic

E.coli

, EPEC),

Escherichia coli

(Enteropathogenic

E.coli

, EPEC),

Escherichia coli

O157,

Escherichia coli

(Enterotoxigenic

E.coli

, ETEC),

Shigella dysenteriae

,

Clostridium difficile

NAP1 BI.

Limite si interferente:

1. Acest test este validat doar pentru probe de materii fecale.
2. Rezultatul acestui test trebuie corelat cu evaluarea clinica si cu alte proceduri de diagnostic.
3. Acest test nu identifica susceptibilitatea antivirala/antimicrobiana.
4. Detectia acidului nucleic bacterian este dependenta de cantitatea de genom din proba, care poate fi influentata de modul de colectare a probelor, manipularea acestora (transport, conservare) si preparare (dilutie, extractie). Executia inadecvata a acestor etape poate conduce la rezultate incorecte.